在2010年至2012年间，文化局与中国社会科学院考古研究所联合组队对圣保禄学院遗址东侧地段进行考古发掘工作，发现大坑遗迹。遗迹是由人工开凿而成的大型竖井式圆形坑，坑口直径约5.5至5.8米，深约9.9米。根据其出土物的时代均集中於明末清初时期，推测大坑遗迹的建造和使用时代应不晚於明末清初，与圣保禄学院运营时期一致。
遗迹内出土了数量丰富的日常器物，包括陶瓷器、铜器和砖瓦类建筑构件等，其中包括不少的外销瓷和克拉克瓷残片。克拉克瓷是十六世纪至十七世纪中期由中国销售到欧洲或外国的瓷器之泛称，经科学检测及比对分析，大坑遗迹内出土的克拉克瓷大多产自江西景德镇民窑，提供了澳门作为海上丝绸之路重要中转港及贸易据点的考古实证。
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